השם רפאל מקורו בשפה העברית ומורכב משני חלקים: "רפא" שפירושו "לרפא" או "רופא", ו"אל" שהוא אחד הכינויים לאלוהים. כך שהמשמעות המובנת של השם היא "אלוהים רופא" או "ה' מרפא".
במסורת היהודית והנצרות, רפאל הוא שמו של אחד מהמלאכים הארכיאלים, העושה טובות ומביא ריפוי לאנשים. המלאך רפאל מוזכר בספר טוביה, אחד מספרי האפוקריפה היהודית, שאינו נחשב לקנוני בידי כל המסגדות.
השם רפאל פופולרי בחברה היהודית והישראלית וניתן לגברים ונערים כשם פרטי.